Pierwsza wzmianka o miejscowości Czarże pochodzi z 1222 roku, kiedy z rąk Konrada Mazowieckiego otrzymał ją (przynajmniej część) biskup misyjny Chrystian. Parafię czarżeńską założył najprawdopodobniej jeden z królów lub książąt polskich wyodrębniając ją z parafii unisławskiej.

Od 1231 roku Czarże przez ponad 250 lat znajdowało się w rękach Krzyżaków. Jednakże wieś nie wchodziła w skład dóbr bezpośrednio zarządzanych przez Zakon stanowiąc majątek rycerski. Np. w 1285 roku mistrz krzyżacki Konrad von Thierberg oddał patronat nad kościołem ówczesnym właścicielom Czarża Kunegundzie i Bartłomiejowi (syn) Bosel. Kolejnymi znanymi z kart historii właścicielami wsi i patronami kościoła byli: Hildegard Sudermann (1348 r.), Henryk z Czarża (XIV/XV w.) i rycerz Clavko (ok. 1424-25), Laurintus Knopf, obywatel toruński (1532 r.), właścicielka dóbr szlacheckich Anna Wolska (1570 r.) i in. W 1445 roku w planach synodu diecezji chełmińskiej została wspomniana miejscowa parafia.

W XVI w. parafia składała się z pięciu wsi: Czarża, Czemlewa, Dębowca, Gzina i Słończa. Kolejne stulecie przyniosło jej powiększenie o dwie nowo powstałe osady: Borki i Jarzembowiec. W poł. XVIII w. parafia liczyła dziesięć osiedli, oprócz wymienionych: Nową Wieś, Las i Kępę Buczkowskiego.

W 1611 roku trzecia część Czarża została zakupiona od Jarzembińskich przez ksieni benedyktynek chełmińskich Sługę Bożą Magdalenę Mortęską, a po roku 1619 benedyktynki stały się właścicielkami dwóch trzecich miejscowości (zakup od rodziny Wolskich). Z działalnością Sługi Bożej ksieni Magdaleny Mortęskiej związane jest zbudowanie karczmy i gościńca, a przede wszystkim w 1621 roku domu ubogich (tzw. szpitala). Nota bene - od 9 maja 2018 roku jest Ona patronką miejscowej Szkoły Podstawowej.

Od roku 1626 część Czarża należała do Pawła Działyńskiego, starosty bratiańskiego, a później wojewody pomorskiego. Od ok. 1647 roku patronat nad kościołem należał do rodu Działyńskich, który był wielkim fundatorem jego remontów i wyposażenia. Taki stan posiadania przetrwał aż po czasy rozbiorowe.

Zaskakującym jest fakt, że przez prawie cały wiek XVII Czarże określano mianem miasteczka, chociaż nigdy ono nie posiadało praw miejskich. Wynikało to prawdopodobnie z jego infrastruktury i szczególnej roli gospodarczej w okolicy (jarmarki, liczni rzemieślnicy). Miejscowość miała nawet swoje lokalne prawo zapisane w 1626 roku w tzw. wilkierzu. Rzemieślnicy czarżeńscy w 1752 roku utworzyli dwa bractwa religijne: Bractwo Różańcowe (zdunowie i krawcy) i Bractwo św. Rocha (garbarze i szewcy). 30 czerwca 1756 r. wielki pożar całkowicie strawił trzynaście zabudowań ze stodołami, trzy domy plebańskie i dwie karczmy. Od drugiej połowy XVII wieku do roku 1747 księża czarżeńscy zarządzali również parafią Boluminek.

W czasie zaboru pruskiego istniały Czarże Szlacheckie i Czarże Królewskie. W 1880 roku Czarże Szlacheckie dysponowało kościołem, 25 domami mieszkalnymi oraz 281 mieszkańcami (w tym 149 katolików i 132 ewangelików). Natomiast w Czarżu Królewskim znajdowała się szkoła, 17 domów mieszkalnych oraz mieszkało 275 osób, po połowie katolików i ewangelików.

Z okresu okupacji warto przytoczyć relację zapisaną w książce Diecezja Toruńska – Historia i Teraźniejszość, tom 2 strona 60: "Ksiądz Johannes Zingsheim za to, że nie podporządkował się władzom niemieckim, zobowiązującym go do germanizacji Polaków, lecz wiernie spełniał posłannictwo duszpasterskie i był przychylny Polakom, był szykanowany przez gestapo, zmuszony do opuszczenia Chełmna i przeniesienia do Czarża. W latach 1942 – 1943 na terenie parafii znalazł schronienie proboszcz z Nawry ks. Wojciech Gajdus. Przed ponownym aresztowaniem ostrzegł go ks. J. Zingsheim i udzielił kilkudniowego schronienia na plebani w Czarżu. By zapewnić dalsze bezpieczeństwo księdzu Gajdusowi skierował go do zaufanej rodziny Franciszka Bendiga w Czemlewie, na terenie parafii Czarże. Tu ksiądz Gajdus spisywał swoje pamiętniki z uwięzienia w Forcie VII w Toruniu, Gdańsku, obozach w Stutthofie i Oranienburgu. Uprzedzony o możliwościach aresztowania przez hitlerowców, w dniu 7 lipca 1943 ukrył rękopis i uszedł stąd do rodziny Frąckiewiczów w Grzybnie, gdzie ukrywał się do końca wojny."

W czasie okupacji w kościele w Czarżu, bez pozwolenia Niemców, przy zasłoniętych oknach, z bardzo licznym udziałem wiernych, ks. Zingsheim odprawiał Pasterki - w tej wspólnocie parafialnej pierwszy raz o północy. Ostrzeżony o grożących mu sankcjach ze strony Niemców za to, że był 'zbyt dobry' dla Polaków, ksiądz Johannes musiał w tajemnicy opuścić parafię i teren Polski. W nocy, przez zamarzniętą Wisłę, wyprowadził go p. Piotrowski. Ks. Zingsheim jeszcze przez dziesięciolecia był sympatykiem i dobroczyńcą swojej dawnej parafii.

Proboszczowie parafii w Czarżu:

ks. Piotr Żurawski (zm. 06.11.1913 r. i został pochowany na czarżeńskim cmentarzu); ks. Aleksander Świeczkowski (zm. 13.09.1941 r. i został pochowany na czarżeńskim cmentarzu); ks. Johannes Zingsheim (1942-1943); ks. J. Weyler (1943-1944); ks. Aleksander Kaźniak (1945-1946); ks. dr Stanisław Nowak, kapłan diecezji łuckiej (1946-1950); ks. Franciszek Goinda (1950-1958); ks. Jan Grzembka (1958-1967); ks. dr kanonik Franciszek Kamrowski (1967-2009); ks. Mirosław Culepa (01.08.2009-15.03.2015);

Proboszczem parafii pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Czarżu od 16 marca 2015 roku jest ks. kanonik Mirosław Kaźmierski.